Региональное отделение Партии создано 28 февраля 2002 года на общем собрании Башкортостанского регионального от деления Всероссийской партии «Единство и Отечество» - Единая Россия и зарегистрировано Главным управлением Министерства юстиции Российской Федерации по Республике Башкортостан 18 марта 2002 года.

Возглавляет Башкортостанское региональное отделение Партии "ЕДИНАЯ РОССИЯ" Секретарь Регионального политического совета Партии "ЕДИНАЯ РОССИЯ", Председатель Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан Толкачев Константин Борисович. Толкачев К.Б. был единогласно переизбран 3 июня 2011 года на заседании Регионального политического совета Партии "ЕДИНАЯ РОССИЯ". Руководителем Регионального исполнительного комитета Башкортостанского регионального отделения Всероссийской политической партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ» является Ишмухаметов Рустам Рифатович. Советником Руководителя является Кинзягулов Барый Исмаевич.

Башкортостанское региональное отделение Партии "ЕДИНАЯ РОССИЯ"  является одним из крупных региональных отделений и насчитывает в своих рядах более 80 тысяч членов Партии. В республике действуют 69 местных и 3584 первичных отделения. 

На выборах депутатов Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации в декабре 2007 года за Партию «ЕДИНАЯ РОССИЯ» проголосовал 2170241 избиратель республики, что составляет 83,12%. Все 14 депутатов, представляющих республику в Государственной Думе, являются членами Партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ».

По итогам прошедших  2 марта 2008 года выборов депутатов Государственного Собрания – Курултая Республики Башкортостан третьего созыва в Государственном Собрании – Курултае Республики Башкортостан было образовано депутатское объединение (фракция) «Единая Россия» в количестве 114 человек. Из 120 депутатов 90 являются членами и 24 сторонниками Партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ».